Natura 2000, Wasserrahmenrichtlinie und Wasser- und Naturpläne
Auf EU-Ebene setzt man sich für den Schutz von Gewässern und einer Reihe von Arten und Biotoptypen ein, die auf europäischer Ebene typisch oder selten sind. Dänemark ist aufgrund der Wasserrahmenrichtlinie, der Habitatrichtlinie und der Vogelschutzrichtlinie der EU verpflichtet, sich für den Schutz und die Erhaltung der Gewässer und Naturwerte einzusetzen.
Daher wurden eine Reihe von Natura-2000-Gebiete festgelegt, in den besonders große oder wichtige Flächen mit bedrohten Biotoptypen oder Lebensräumen für bedrohte Arten vorhanden sind.
Sowohl die Kongeå als auch das Wattenmeer sind solche Natura-2000-Gebiete, weil es hier viele Biotope, Pflanzen- und Tierarten gibt, die bedroht, gefährdet oder in Europa selten sind. Für alle Natura-2000-Gebiete wurde ein Natura-2000-Plan erstellt, der eine Reihe allgemeiner Richtlinien enthält, wie Arten und Biotope künftig erhalten werden sollen.
Die Umwelt wird im Wattenmeer durch die Wasserqualität der vielen Wasserläufe beeinflusst, die in dieses Gebiet fließen. Hierzu gehört auch die Kongeå. Einfluss haben auch die menschlichen Tätigkeiten in diesem Gebiet. Das Wasserplan für das Wattenmeer umfasst daher auch einen Teil der Wasserläufe und Seen, die im Wassereinzugsgebiet des Wattenmeers liegen. Der Plan enthält Zielsetzungen und einen Aktionsplan, der die Gewässer schützen soll.