Natura 2000, Vandrammedirektiv og vand- og naturplaner
På EU-niveau arbejdes der på at beskytte vandmiljøet og en række arter og naturtyper, der er karakteristiske eller sjældne på europæisk plan. Danmark har gennem EU's vandrammedirektiv, habitatdirektiv og fuglebeskyttelsesdirektiv forpligtet sig til at arbejde for at beskytte og bevare vandmiljø og naturværdier. Derfor er der udpeget en række Natura 2000 områder, der rummer særligt store eller vigtige arealer med naturtyperne eller levesteder for de truede arter.
Både Kongeåen og Vadehavet er udpeget som Natura2000 områder, fordi der her findes mange naturtyper, plante- og dyrearter, der er truede, sårbare eller sjældne i Europa. Der er udarbejdet en Natura2000 plan for alle Natura 2000 områder, der indeholder en række overordnede retningslinjer for hvordan arter og naturtyper kan bevares fremover.
Vandmiljøet i Vadehavet er påvirket af vandkvaliteten i de mange vandløb, bl.a. Kongeåen, der afvander til området, samt af de menneske-relaterede aktiviteter, der foregår i havområdet.
Vandplanen for Vadehavet omfatter således en del af de vandløb og søer, der ligger indenfor Vadehavets vandopland. Planen indeholder en målsætning og indsatsplan, der skal sikre vandmiljøet mod forringelser.